Manusama gaat naar Nederland en wordt president van de RMS
Op 11 september 1953 komt Manusama aan in Nederland waar hem een spreekverbod wordt opgelegd. Hij wordt leraar wiskunde en wordt later conrector op de Christelijke scholengemeenschap Melanchton in Rotterdam wat hij zal blijven tot zijn pensioen in 1975.
In 1950, bij de uitroeping van de RMS, heeft de eerste president, dr. Soumokil, hem benoemd tot minister van defensie. Soumokil, die intussen president van de RMS is geworden, wordt op 2 december 1963 door Indonesische militairen op het eiland Ceram gearresteerd. Na zijn executie op 12 april 1966 wordt Manusama de leider van de RMS
De erfenis van Manusama
Manusama genoot aanvankelijk groot gezag en aanzien in de Molukse gemeenschap in Nederland. Zijn positie kwam in het midden van de jaren zeventig in gevaar. Molukkers namen hem toen zijn rol bij de treinkapingen en gijzelingen kwalijk. In hun ogen liet hij de jongeren die tot geweld waren overgegaan als een baksteen vallen. Manusama veroordeelde de gewelddadige acties die het ideaal van de Molukkers in zijn ogen vooral schade berokkenen.
Ternauwernood behield hij zijn functie. In de jaren daarna bleef er kritiek op zijn optreden en op dat van andere leden van de regering in ballingschap. Jongere Molukkers verweten de oude garde, dat ze te strikt vasthield aan het ideaal van onafhankelijkheid en te weinig ogen had voor de realiteit.
Toch was er ook grote waardering voor de resultaten die Manusama boekte. Zo kwam er, mede dank zij hem, het inspraakorgaan welzijn Molukkers. Ook de oprichting van het Moluks museum (Utrecht) is mede aan hem te danken. Begin 1993 trad Manusama vanwege zijn leeftijd af. Het presidentschap werd hem te zwaar. Daarna zijn er verschillende RMS presidenten in ballingschap geweest. Vandaag de dag is Johannes Gerardus “John” Wattilete de president van de Republik Maluku Selatan. Wattilete is geboren in Nederland en heeft een Zuid-Molukse vader en een Nederlandse moeder. Hij groeide op in de Molukse wijk van de Gelderse plaats Bemmel waar hij al jong in de wijkraad kwam.